Typowe dolegliwości stwierdzane u pacjentek z endometriozą obejmują zaburzenia miesiączkowania, dolegliwości bólowe związane z cyklem miesięcznym oraz niepłodność. Częstym objawem jest również zmęczenie. Nasilenie objawów nie zawsze koreluje z wielkością ognisk endometriozy. Nawet małe ogniska mogą dawać silne dolegliwości bólowe, podczas gdy duże zmiany mogą w pewnych warunkach pozostawać całkowicie bezobjawowe. Obraz kliniczny zależy często od umiejscowienia ognisk choroby. W większości przypadków objawy nasilają się wraz  z czasem trwania choroby.

Ból związany z endometriozą przybiera liczne postaci, takie jak przewlekłe dolegliwości podbrzusza, ból podczas owulacji, podczas stosunku płciowego (dyspareunia), podczas wypróżnienia oraz oddawania moczu. Szczególnie silne są one podczas drugiej połowy cyklu oraz miesiączki.